Ilūkstes luterāņu baznīcas pirmsākumi meklējami tālajā 16.gs. Sēlija tolaik bija luteriska zeme.
Pēc hercoga pavēles 1568.g. Ilūkstē tiek uzcelta luterāņu baznīca, bet tai bija diezgan īss mūžs. Kad Pilskalnes muižnieks bija pārgājis katoļticībā, un miris pēdējais luterāņu mācītājs Ilūkstē, grāfs Jānis Zībergs, būdams katolis, 1635.g. dievnamu atdeva katoļiem, ko apstiprinājis Polijas karalis Vladislavs IV uz mūžīgiem laikiem. Pēc dāvinājuma apstiprināšanas Ilūkstes luterāņu draudze tiek pievienota Lašu luterāņu baznīcai. Tajā laikā Ilūkstē darbojas jezuīti, dievnamā tiek izveidots Misiju nams, pēc tam tā tika paaugstināta par rezidenci. Līdzšinējās nelielās baznīcas vietā jezuīti par muižnieku un zemnieku līdzekļiem uzcēla lielu koka baznīcu un vēlāk arī klosteri. 1748.g. baznīca ar blakus esošo koka klosteri nodega.
19. gs. Ilūkstē un tās apkaimē pieaug luterāņu skaits. Un laikam izdzīvotais mūsu tautas spīts liek luterāņu draudzei sarosīties. Lašu mācītāji noturēja dievvārdus Ilūkstē kādā lūgšanas namā. 1861.g. tiek likts pamatakmens tagadējai Ilūkstes evaņģēliski luteriskajai baznīcai. Celtniecība ilga 4 garus gadus.
1865.g. 16. maijā jaunā baznīca tiek iesvētīta un ieņēma savu vietu kopējā pilsētas panorāmā.
Ilūkstes luterāņu baznīca vēstures līkločos cietusi vairākkārt. Pirmā pasaules kara laikā baznīca tika nopostīta. 1928.g. par draudzes līdzekļiem atjaunota, un 1932.g. Lašu-Ilūkstes apvienotajā draudzē jau ir 499 draudzes locekļi. Pēckara periodā baznīca tika draudzei atņemta. Baznīcas darbība tika pārtraukta.
Ilūkstes luterāņu draudze īpašumu atguva 90. gadu sākumā.