Vecticībnieku draudze Nīderkūnos tika izveidota 19. gadsimta beigās. Baznīcas būvatļauja tika saņemta pēc dekrēta „Par ticības iecietības sākumu nostiprināšanu” pieņemšanas.
Senators Harjakins uzdāvināja draudzei zemi un iedeva kredītu būvmateriālu iegādei. No privātpersonu ziedojumiem tika savākti gandrīz 2000 rubļi. Jau 1907. gadā dievnams tika uzcelts, bet 1908.-1911. gadā tika veikti iekšējie apdares darbi. Draudzes locekļi dievnamam ziedoja svētbildes un grāmatas. Līdz pat mūsdienām te ir saglabājušās tādu autoru kā Konstantīna Pavlova, Vasīlija Kiriļļina, Varvaras Kiriļļinas, Ļeontija Seļezņova veidotās svētbildes.
1930.-1935. gados nācās nostiprināt jumta konstrukcijas, tāpēc baznīcā tika uzstādītas kolonnas. 1930. gados pie baznīcas darbojās dziedātāju vecticībnieku biedrības Grīvas-Nīderkūnu nodaļa, kuru vadīja F. Fadejevs. Dievkalpojumi baznīcā netika pārtraukti.
2000. gadā Daugavpils pilsētas dome piešķīra līdzekļus zvanu torņa un krustu remontam. Baznīcas celtnieki no ķieģeļiem atveidoja Daugavpils reģiona vecticībnieku baznīcu tradicionālās formas: vienots apmērs ar divslīpju jumtu. Ar četriem logiem, nelielu zvanu torni, kas ir pārsegts ar teltsveida jumtu un slejas virs baznīcas jumta, kupols virs kanceles, konsoljumtiņš virs lieveņa – viss tas ir izveidots vienkārši, bet stingri kanoniski. Baznīcas interjeru rotā bagātīgs četrrindu ikonostass, krāšņs kroņlukturis, svētbildes skapīšos. Pārsegums virs zāles ir izveidots velves veidā, kuras koka konstrukcija atveido jumta formu.
Piebraukšana: no pilsētas centra pa tiltu pāri Daugavai, nogriezties pa kreisi – uz Nīderkūniem.